一八七二年九月，金邦尼偕同四位神父、一位學生、兩位修士和三位非洲青年，一起出發前往開羅，展開他的第六次傳教旅程。他從開羅往喀土穆。經過九十九天曲折的旅程，乘船沿著河流前進，騎著駱駝走過酷熱的沙漠，終於一八七三年五月抵達喀土穆。金邦尼在抵達後的第一個星期天，正式接辦傳教站。他用阿拉伯語向重獲自由的奴隸、阿拉伯人、傳教士和歐洲顯貴的會眾講道，講道中金邦尼敘述與他們在一起是何等欣喜：「我年輕時的初戀情人就是不快樂的非洲。十六年前，我放棄了我在世上所珍視的一切，來到這裡。但是，由於健康的問題，我被迫返回歐洲。我離開，全是為了聽命，但我的心已留在你們當中。今天，我回到你們中間，終於再找回我的心，我永遠不會遺棄你們。我願意屬於你們每一位。」金邦尼的道理證實，他深信自己的聖召，就是把福音帶給非洲。此外，這篇道理也清楚顯示，他不但視這聖召為一種外在的、須要追隨的召喚，也是發自內心深處的，是他生命的愛情。
其後，金邦尼在十月慶祝光榮十字架瞻禮時，把他的代牧區奉獻給耶穌聖心。同時，他寫信給一位朋友，表示他對非洲的愛，是基於他十分了解那裡的問題，以及非洲在歷史中的位置。他寫道：「在中國，傳教事業已建立了多個世紀，但在科爾多凡這裡，信仰只出現了四百八十六天。我們仍處於起始的階段。」身處於這樣的環境，金邦尼和他的助手似乎沒有成功的機會。約在一八四八年，有三十五名傳教士去世；一八六一年，則有二十一位方濟會士死去。在這麼多人去世的地方，在沒有大修會願意再派遣傳教士，冒著犧牲性命而工作的地方，這位身患重病的人，如何能與寥寥幾位助手做這番大事業呢？然而，金邦尼把他的傳教會奉獻給耶穌聖心。他相信自己的聖召，相信這是天主的工作，也相信：「耶穌聖心將使我能夠克服種種艱辛，使重生非洲的計劃得以實現。」
傳教站的發展
金邦尼在歐拜伊德致函巴爾納波樞機，講述傳教站向內陸推進的重要性。傳教士們正努力學習語文，並尋求一個最好和最簡單的方法，成立傳教站。他們正在準備編印勞比安語字典、語法書和教理書。不但傳教士希望在勞比安人當中工作，其實勞比安人也希望傳教士能在他們自己的地方教學，並保護他們對抗奴隸商。
金邦尼敘述勞比安族族長賽爾德阿迦探訪過他，力邀他興建教堂和學校。金邦尼寫道，這些人曾擊退阿拉伯奴隸商，他們對回教也不感興趣。族長對於耕種和木工用具頗感興趣。賽爾德阿迦說：他們知道有一位天主存在，但從未見過祂，也不知道如何向祂祈禱。賽爾德阿迦族長曾探訪金邦尼三次，金邦尼請族長代他向勞比安人轉達他的意願。他答應盡快為他們服務，也希望尋回一些已成為奴隸的孩子。
金邦尼致函樞機時批評說，英國人雖然已取締奴隸買賣，但這法律只是形同虛設而已。在中非，真正的奴隸買賣仍非常活躍。
金邦尼致函法國聖嬰會會長，列舉他抵抗奴隸制度的工作：在開羅的兩所學院裡，青年學習信仰、藝術和耕種技術；在喀土穆有兩所會院；在歐拜伊德有兩個基金會。雖然歐拜伊德有十萬人口，但其中卻有三分之二是奴隸。
金邦尼在同一封信裡，要求對方撥款興建房屋，因為「 我盡力強化這些傳教站，為準備那些來自內陸的族人，能在自己的國家裡，成為信仰的宗徒。他還指出，由於奴隸買賣的關係，很多孩子變成了孤兒。此外，不少母親帶著子女逃離主人，來到傳教站尋求保護。傳教站需要金錢來支付建築材料和建築工人的工資，好能為這些人提供合宜的居所。他還指出，在過去五年，他的學院已培訓了五十四人，準備在內陸工作。直到目前為止，在這些內陸國家裡，人們從未聽過天主的聖言。他在總結時，重申傳教士已隨時準備為非洲民族的得救而捨身。他們的口號常是：「與非洲共存亡」，而且藉著天主的恩寵，他們將永遠忠於這意願。
一八七六年三月，金邦尼返回歐洲籌募經費，並替自己辯護，反駁馬恩省尼神父所提出的指責。因為，馬恩省尼神父指責金邦尼沒有妥善照顧傳教士，也浪費了不少金錢。經過一連串的調查後，金邦尼的嫌疑盡釋。此外，羅馬方面為表示信任他，於一八七七年八月擢升他為主教。
飢荒的打擊
一八七七年十二月，金邦尼主教重返非洲，展開他的第七次旅程。他從開羅前往蘇丹時寫道：「今晚，我們將乘船離開開羅。所有人都為我們祈禱。我把一切交託給耶穌聖心和聖母聖心，我們將要戰勝邪惡，並在各地豎立十字架。天主的所有工作都是在加爾瓦略山誕生的，我也準備為祂的光榮受苦：非洲必會得救。」
這又是一次漫長而艱辛的旅程：「我們浩浩蕩蕩從開羅出發，不知不覺已有四十五天了。乘船的旅程是很辛苦的，目前我已抵達阿特穆爾大沙漠的邊界。我想，如果有一百隻駱駝的話就太好了！但事實上，由於今年不曾下過一滴雨，我們只有少數瘦弱的駱駝。
尼羅河的水位很低，所以鬧著飢荒。在我們抵達喀土穆前，還要走一個半月的路程。這趟旅程，我們至少需要四十隻駱駝來載貨。往常，我們只需二十隻便足夠了，但由於牠們體弱，可背負的貨物只有平時的一半。」
金邦尼繼續在信裡寫道：「我處身世上最惡劣的窘境裡：雙倍努力、雙倍開支、雙倍危險和雙倍不安。我在一棵大樹下寫信給您，這就是我們華麗的住所！距離我書寫的裝貨箱三碼之處，氣溫高達四十五度。神父、五位修女、修士和我都在天主、在聖母瑪利亞和在大聖若瑟的手裡。我們都把自己交託給天主，求祂眷顧。」
金邦尼抵達喀土穆時，飢荒更為嚴重。他首要的任務，就是援助飢荒。因此，他向羅馬當局報告說：「作為耶穌基督的真實宗徒，我幾乎用盡所有的精力，來承擔這駭人的悲劇，這極其可怕的痛苦侵入了代牧區。我所指的是飢荒、旱災，還有物資的缺乏；而我只能盡力處理這事情。然而，天主的工作必須在加爾瓦略山誕生和成長。我們現在的煩惱，就是必須進一步證實，非洲的重生是天主的工作。儘管面對著這一切不幸、災禍和困難，我們也不容許內心沮喪，因為十字架是邁向勝利的光榮道路。」
金邦尼雖然面對著這些障礙，卻仍希望在烏干達的大湖區開辦傳教站。然而，羅馬通知他，這地區已交由拉維熱里樞機和他的傳教士接管。金邦尼十分喜愛拉維熱里樞機，但他並不完全同意當局的決定。他致函羅馬當局，清楚說明：「依我的愚見，閣下和聖部把四大地區交給拉維熱里樞機主教，是錯誤的決定。因為他無法在這些地區充份發揮自己的能力。聖部在行動時略嫌倉促，使它失去一向審慎而判斷英明的特質。」
傳教士開始受到飢荒侵襲。金邦尼向維羅納的卡諾薩主教匯報，有幾位傳教士已經去世：「傳教站的成員都受到缺乏物資、疾病和死亡的重重打擊，沒有任何事情比這一切更使我的精神充滿折磨和哀傷，甚至幾乎因害怕和憂愁致死。面對著種種嚴峻的考驗，我們感到更須持守自己的聖召，比從前更加堅持我們的口號：「與非洲共存亡」。他同時致函羅馬當局，說：「我只能寫下這幾句話，因為我被熱症、艱難、疲累和沈重的心情消耗殆盡。雖然我的身體已透支，但藉著耶穌聖心的恩寵，我的精神仍站得穩。正如在過去（自一八四九年以來的）三十四年，我決心為中非而忍受一切，並獻出生命。」金邦尼回憶十七歲那年，他在馬扎神父跟前所作的承諾。然而，金邦尼因工作過度而精疲力竭，他被迫於一八七九年五月返回歐洲。他在離開時，並沒有遺棄他的使命，因為他是唯一留在喀土穆的傳教士。
金邦尼在歐洲期間，專心恢復自己的健康，也努力使更多人認識他的兩所學院，並探訪他的助手們。他在巴黎和科隆演講，談及在中非傳教的三大困難：漫長而危險的旅程、熱帶病和不同語言的問題。在一個機會中，金邦尼覲見教宗利奧十三世，他也將修會中五位準備前往非洲的修女介紹給教宗。
最後的旅程
金邦尼的體力稍微恢復後，便於一八八Ｏ年十一月，踏上他的第八次，即最後的傳教旅程，這也是金邦尼一生的最後一年。在這一年，金邦尼幾乎是馬不停蹄的，大多從事遏止奴隸買賣的工作。他終於可以在勞比安人聚居的迪靈開辦傳教站。他在那裡寫道：「在勞比安山，我與同伴一起做偉大的事，不但為了傳教站，也為了消除奴隸買賣。」他敦促政府委派一百名士兵來保護人民。金邦尼在那裡觀察勞比安山，物色地方興建新傳教站。
旅途上，金邦尼一直被熱症纏著。他十分擔憂維羅納兩所學院的情況，因為它們都處於艱難的日子裡。主要的問題是須要物色一位適合的人選擔任院長的職務：且這人必須相當了解在非洲工作的種種問題。他致函維羅納的修院院長說：「耶穌背負第一個十字架，而我們身為他的門徒，也要背十字架。晚上（我難於入眠，雖然昨夜我睡了三個半小時），想起在過去的廿四小時受了很多苦，我感到很高興，比我在倫敦、巴黎、維也納或聖彼得堡享受完晚宴後回家的心情更高興。」
金邦尼在臨終的最後幾個月裡，受到很多無理的指責。這些指責均與他為修女們購買房屋的事有關，也與他極力維護敘利亞籍保守生維爾吉尼亞．曼蘇爾有關。曼蘇爾曾任傳教士二十年。當她原先所屬的修會撤離後，便要求加入金邦尼的修會。她到過維羅納，在那裡教授阿拉伯語。由於她的語文很好，且有豐富的傳教經驗，惹來很多人嫉妒。金邦尼在蘇丹維護她，結果引來很多反對的聲音，甚至使他的病情惡化。
一八八一年十月三日，金邦尼致函修院院長說：「我在上一封信提及，有三人相繼去世。追思彌撒後，我叮囑不用拆卸靈柩台，我想是對的。今早，來自羅馬的輔理修士保祿．斯坎迪因傷寒病去世。我在寫信的時候，方濟．皮瑪桑尼神父已要求我為他施行臨終聖事。不但如此，連我親愛的副主教也在出席輔理修士的葬禮後發燒，立即要臥床休息。但是，天主的工作一直是這樣誕生和成長的：教會建基在降生為人的天主、宗徒和殉道者的鮮血上。世上所有的天主教傳教會也都是在死亡中、在犧牲中和在十字架的庇蔭下結出果實的。」
金邦尼的副主教於十月九日去世。翌日早晨，金邦尼前去安慰修女們。那時，他自己也發著高燒。隨後，他領了臨終聖事，並在當晚十時逝世。